Vyriausybės atstovų įstaiga, siekdama jai nustatyto veiklos tikslo, atlieka šias funkcijas:
- nagrinėja savivaldybės kolegialiems administravimo subjektams priimti pateiktus teisės aktų projektus ir teikia išvadas dėl jų Vyriausybės atstovams;
- nagrinėja savivaldybės administravimo subjektų priimtus teisės aktus ir teikia išvadas dėl jų Vyriausybės atstovams;
- rengia Vyriausybės atstovų motyvuotų teikimų svarstyti teisės aktų pakeitimo ar panaikinimo klausimus, rašytinių reikalavimų įgyvendinti įstatymus, vykdyti Vyriausybės nutarimus projektus;
- teikia Vyriausybės atstovų įstaigos vadovui pasiūlymus dėl Įstaigos veiklos;
- teikia valstybės ir savivaldybių institucijoms, įstaigoms ir įmonėms, fiziniams ir juridiniams asmenims, kitoms organizacijoms ir jų padaliniams informaciją Įstaigos kompetencijos klausimais;
- bendradarbiauja su valstybės institucijomis ir įstaigomis, konsultuoja jas, dalijasi gerąją praktika teisės aktų taikymo savivaldybėse problematikos klausimais;
- padeda Vyriausybės atstovams atlikti kitus Savivaldybių administracinės priežiūros įstatyme nustatytus įgaliojimus;
- atlieka kitas Vyriausybės atstovų įstaigos vadovo pavestas funkcijas.